ضد عفوني شيميايي موثرتر را مي توان به طرق زير ، انجام داد :

1. شستن موادگياهي با آب ، قبل از ضد عفوني ، و اجازه خارج شدن كامل آب از سطح آن، هوگز( 1981) نشان داده است كه اين نحو شستشو ، بطور موثري ، آلودگي را در خانواده Gesneriaceae كاهش مي دهد.

2. قرار دادن موادگياهي در الكل 70 درصد براي چندثانيه قبل از ضد عفوني شيميايي، تا خروج حبابهاي هواي روي اندام گياهي و تأثيربهتر مواد ضد عفوني كننده ، روي مواد گياهي .

3. اضافه كردن ماده خيس كننده به مايع ضد عفوني كننده ( به غلظت 08/0 تا 12/0 درصد) . اين ماده ، تورژسانسس سطحي را پايين مي آورد ، و محلول هاي ضد عفوني، سطح تماس بهتري با موادگياهي ، خواهند داشت .

4. به هم زدن ماده ضد عفوني كننده درزمان استفاده ( با يك بهمزن مغناطيسي )

5. ضد عفوني نمودن با وايتكس ، تحت شرايط خلاء‌ . اين كار ، باعث مي شود كه حبابهاي هواي سطح مواد گياهي حذف ، وفرآيند ضد عفوني ،‌بنحو موثري ،‌انجام گيرد.

انتخاب زمان و غلظت ماده ضد عفوني كننده هيپوكلريت سديم ، بستگي به شرايط خاص و اين كه آيا لايه سطحي قلمه كه ضد عفوني ملايم مي شود ، درادامه آزمايش ازآن استفاده خواهد شد ، و يا اين كه قبل ازگرفتن نمونه در محيط كشت ، اين لايه حذف مي شود ، دارد.

بنابراين ، در مواردي،‌ضد عفوني با غلظت يك درصد هيپوكلريت سديم به مدت پنج دقيقه كافي باشد ، ولي بعضي اوقات ، 30 دقيقه وقت لازم است . ضد عفوني نمودن طولاني ،‌مي تواند اثرات زيادي روي قلمه داشته باشد. لذا  لازم است كه زمان وغلظت مناسب ماده ضد عفوني كننده ،‌براي هر نوع مواد گياهي، تعيين شود.

در ذيل ، چند مثال در مورد غلظتها و زمانهاي لازم ، آورده شده است :

- برگهاي گونه Anthurium andeanum : 30 دقيقه درمحلول يك درصد هيپوكلريت سديم .

- بافتهاي فلسي گياه Hyacinthus : 15 دقيقه در محلول يك درصد هيپوكلريت سديم.

- ساقه هاي روندرون (Rhododendron) : 20 دقيقه درمحلول يك درصد هيپوكلرپتاسيم .

- دمبرگهاي جربرا (Gerbera) : 15 دقيقه در محلول يك درصد هيپوكلريت سديم .

- جوانه هاي گل گياه Freesia : 20دقيقه در محلول يك درصد هيپوكلريت سديم.

- برگهاي گياه Strelizia : 45 دقيقه در محلول يك درصد هيپوكلريت سديم .

- بذور لاله (Tulipa) : 30 دقيقه درمحلول دو درصد هيپوكلريت سديم .

- ساقه هاي لوبيا (Phaseouls) : 10 دقيقه درمحلول يك درصد هيپوكلريت سديم .

- سرشاخه هاي گياه Nephrolepis : 5دقيقه در محللو يك درصد هيپوكلريت سديم.

دربعضي موارد ، براي جلوگيري از نفوذ ضد عفوني كننده و يا بيرون آوردن شيرابه ازمحل زخمها ( درگياهان خانواده فرفيون ) مي توان محلهاي زخم شده را به وسيله پارافين، پوشش داد.

3-9 - كشهاي بظاهر استريل

بايستي درنظر داشت كشتهايي كه به صورت استريل انجام مي شوند و به نظر استريل مي آيند ، ممكن است كاملاً استريل نباشد . اگر منشأ‌ آلودگي در داخل بافتهاي گياهي باشد ، آلودگي معمولاً هنگامي ظاهر مي شود كه محل آلوده ، قطع شده ، ودر هنگام تهيه واكشت ، امكان باز شدن و تماس با محيط كشت ، فراهم شود. اغلب آلودگي بعد از تهيه چند واكشت ، آشكار مي شود. رشد ضعيف و يا كلروزه شدن بافتها ، مي تواند نشانه يك نوع آلودگي داخلي ، مثلاً به باكتري Erwinia carotovora باشد ( فاس و ميلر 1978) . كشتهاي بظاهر ضد عفوني شده ، مي توانند در ارتباط با كشت درمحيط فقير كه برروي آن ، ميكرو ارگانيسم ها بندرت رشد ميكنند ، يا هرگز رشد نمي كنند ، نيز وجود داشته باشد . آلودگيها ،‌فقط هنگامي ظاهر مي شوند كه تلقيح بر روي يك محيط غني ، انجام شده باشد ، و يا اين كه درميكروارگانيسم ها ، موتاسيوني اتفاق افتاده باشد كه به آن اجازه دهد تا در محيط فقير، رشد نمايند.

براي اطمينان از ضد عفوني شدن كشت به يك قسمت ازسرشاخه ، مي توان آن را به صورت طولي بريده و سطح بريده شده را درم حيط كشت غني ، قرار داد. اين محيط كشت را مي توان به وسيله اضافه كردن 2 تا 3 درصد تريپتون يا پيتون ( مخلوطي ازچند اسيد آمينه و ويتامين )‌تهيه نمود. پس از چند روز ، تعداد بسياري زيادي ميكروارگانيسم ، رشد مي كند . ازآن جا كه محيط كشت مناسب براي بسياري ازباكتريهاي درو نزا كشف نشده است ،‌اين تكنيك ، هميشه كافي نيست . آلودگي داخلي در گياهان ، اغلب دراثر باكتري هاي ميله اي شكل به وجود مي آيد . اغلب اين باكتريهاي ساپروفيت درآزمايشگاه هاي ميكروبيولوژيكي ، آلودگي ايجاد مي كنند ؛ زيرا اسپور آنها ، قادر است شرايط نامساعد ، مثل : گرما ، خشكي، سرما ، اشعه ي ماوراي بنفش ، و مواد غذايي ضدعفوني كننده را تحمل كند. براي رهايي از اين آلودگي  ، لازم است كه ضد عفوني هوا ، كف آزمايشگاه و مواد گياهي،‌صورت گيرد.

4-9 - آلودگي هاي داخلي :

آلودگي داخلي ، مي تواند مشكل آفرين باشد ، و اغلب به علت وجود ميكروارگانيسم اتفاق مي افتد كه در داخل گياه هستند و نمي توان آنها را از طريق مواد ضد عفوني كننده خارجي ، دفع نمود. بطور كلي ، دو راه براي مبارزه با اين مسأله ، وجود دارد :

1. كشت مريستم ( زيرا ميكروارگانيسم ها در درون سلول هاي ناحيه مريستم ، وجود ندارند. )‌

2. اضافه كردن آنتي بيوتيك ، به محيط كشت .

از آن جا كه كشت مريستم خيلي پيچيده است ، و اضافه كردن آنتي بيوتيك به محيط كشت ، خيلي بي تأثير مي باشد ، ساده ترين راه ، استفاده ازمواد گياهي غير آلوده است.

اضافه كردن آنتي بيوتيك ها ،‌اغلب باعث پديده فيتوكسيك ( سميت گياهي) مي شود بطوري كه غلظتهاي زيادآنتي بيوتيك ، مانع رشد ونمو گياهان عالي ، وباعث ايجاد مقاومت در باكتريها مي شوند. استفاده از آنتي بيوتيك ها ، سبب گزينش ميكروارگانيسم مقاومت نيزمي شود.

هنگام استفاده اكثر آنتي بيوتيكها درمحيط كشت ، از استريليزاسيون استفاده مي شود. استيجل ( 1959) و فونتانت (1957) استفاده از پني سيلين ، آكرومايسين ، وديگران استفاده از تتراسيكلين و 8- هيدروكسي كوئينولين را تشريح نموده اند. استاريكسي و همكاران اثر آنتي بيوتيكهاي مختلف را (‌ اوكسي تتراسيكلين ، استرپتومايسين، كلرومايسين و پني سيلين ، ريفامسين ، جنتامايسين ) را بر روي كشت Crytocaryne و Cinchona كه از اول با باكتري ها شد ، و همزمان اثري بررشد و نمو قله ها ، نداشت.يانگ وهمكاران ( 1984) پي بردند به اين كه هيچ آنتي بيوتيكي نيست كه به تنهايي بتواند بر ضد آلودگيهاي باكتريها در كشت اندامهاي هوايي گياهان اثر داشته باشند، و تركيبي ازآنتي بيوتيكهاي مختلف ، اثر بيشتري در مقايسه با اثرات هر كدام به تنهايي ، دارد . اطلاعات بيشتر در رابطه با استفاده از آنتي بيوتيكها براي فايق آمدن برآلودگيهاي داخلي را ، مي توان ازگزارش جورج و شرينگتون به دست آورد. نامبردگان گزارش كرده اند كه دربعضي از موارد ، آنتي بيوتيكها باعث رشد زياد ( بعضي موارد ، خيلي زياد ) بافتهاي كشت شده ، مي گردند.

بطور كلي ،‌نتايج اضافه كردن آنتي بيوتيكها به محيط كشت گياهان عالي ، راضي كننده نيست . دبرگ ( مذاكرات شخصي ) به اين نتيجه رسيد كه جلوگيري از رشد ميكروارگانيسمها به وسيله اضافه كردن آنتي بيوتيك ، در تكثير گياهان به صورت تجارتي ، عملي نيست . هنوز مهمترين روش غلبه بر آلودگي داخلي كشت مريستم است ، كه به وسيله ترامير براي گلايول ، توضيح داده شده است.

5-9- كشتهاي همزيست

اگر چه از نظر تعريف ، كشت اين ويترو به كاشت گياهان در شرايط استريل اطلاق شده است ، ولي ميتوان آن را ، با استفاده از ميكروارگانيسمها نيز انجام داد .